1950 г. – организован Казахский НИИ водного хозяйства (постановления Совмина СССР от 30 мая 1950 г. и Совмина КазССР от 15 ноября 1950 г.);1964 г. – передан в ведение Министерства мелиорации и водного хозяйства СССР и отнесен к категории научно-исследовательских организаций общесоюзного значения отраслевого профиля;

1988 г. – передан в ведение Минводхоза КазССР (приказ Минводхоза СССР от 26 сентября 1988 г. № 305);

1991 г. – включен в систему Казахской академии сельскохозяйственных наук (постановление Кабинета Министров КазССР от 17 апреля 1991 г. № 240);

1996 г. – включен в состав Национального Академического Центра Аграрных исследований (НАЦАИ) Министерства образования и науки РК;

2002 г., декабрь – создано Дочернее государственное предприятие на праве хозяйственного ведения «Научно-исследовательский институт водного хозяйства» (ДГП «НИИВХ») Республиканского государственного предприятия «Юго-Западный научно-производственный центр сельского хозяйства» Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан (постановление Правительства Республики Казахстан от 13 декабря 2002 года № 1309);

2007 г., май – включен в состав АО «КазАгроИнновация» в качестве ТОО «Казахский научно-исследовательский институт водного хозяйства»;

С 22 августа 2015 г. - КазНИИВХ является структурным подразделением НАО «Национальный аграрный научно-образовательный центр» МСХ РК.